在真空度控制方面，早期的控制方式是采用開環控制方式，這種控制方法存在較大的波動現象，隨著分離物質的純度需求不斷增加，由于這種真空度控制方法的穩定性差，很難達到較高的純度需求，為了解決這一問題，使真空度穩定在某一預定值上，可以采用氣體流量控制器進行反饋控制，通過調節進氣量和出氣量達到保持穩定真空度的目的。
　　如果真空度控制采用閉環控制，液環真空泵和旋片式真空泵只要讓真空度維持在負壓的情況下，通過串聯氣體流量控制器，利用氣體流量控制器來保持分子蒸餾器的真空度穩定。
　　分子蒸餾設備將v10與v11之間和v19上端的真空表換成數字真空表，并將采集到數據直接傳輸到PLC中，通過PLC控制真空泵達到預定真空度，由于真空泵是由液環真空泵和旋片式真空泵組成，冷卻水的流量的穩定性直接影響真空泵的運轉，所以真空泵的穩定性較差，波動比較劇烈，比如小型蒸餾設備，蒸發器直徑較小，受真空度波動影響較大，此時當蒸發器內的真空度達到預定值范圍，開啟氣體質量流量控制器使其不斷抽氣或者送氣，根據預定值和真空儀實際之間的誤差，通過控制誤差來減小誤差達到真空度穩定的目的。