短程分子蒸餾設備中發生的也就是蒸餾過程，整個蒸餾過程中也包含了很多環節，要逐一掌握。下面就是蒸餾的幾個重要步驟，可以先簡單的了解一下，利于它的使用。
        將待蒸餾液通過玻璃漏斗小心的加入蒸餾瓶中，且要注意液體不能從支管流出。完成之后在往其中加入幾粒助沸物，并在適當的位置安裝好溫度器，檢查各部件無誤后就可以進入下一個階段了。也就是加熱，這時可以看見蒸餾瓶中的液體逐漸沸騰，蒸氣逐漸上升；當溫度上升時應適當減慢加熱速度，使讓水銀球上液滴和蒸氣溫度達到平衡。隨后還要再增加火焰進行蒸餾，這過程要控制好加熱溫度，以便于調節蒸餾速度，通常以每秒1～2滴為宜。
        在加熱蒸餾的同時，用戶要觀察沸點及收集餾液。蒸餾完畢之后先停止加熱，再停止通水就可以了。
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